Oi Alexander, tudo bem?

Se você quer deixar o código mais "clean", uma maneira de melhorar a legibilidade e a eficiência é usar a estrutura if-else if-else. Isso elimina a necessidade de verificar todas as condições, uma vez que, se a primeira condição for verdadeira, as demais não serão verificadas. Aqui está uma versão revisada do seu código:

<meta charset="UTF-8">

<script>
    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    function sorteia(n) {
        return Math.round(Math.random() * n);
    }

    var chute = parseInt(prompt("Tente adivinhar o número que estou pensando, digite o número"));
    var numeroPensado = sorteia(10);
    console.log(numeroPensado);

    if (chute == numeroPensado) {
        mostra('Você acertou!');
    } else if (chute < numeroPensado) {
        mostra('Seu número ' + chute + ' é MENOR que o meu número! Eu pensei no ' + numeroPensado);
    } else {
        mostra('Seu número ' + chute + ' é MAIOR que o meu número! Eu pensei no ' + numeroPensado);
    }
</script>

Um abraço e bons estudos.