Olá, Felipe! Bom dia!
Entendi sua dúvida. Pelo que entendi, você está tentando executar um programa no console do Python, mas está enfrentando problemas quando o arquivo está dentro de pastas. É isso mesmo?
Uma forma de executar o programa mesmo quando ele está dentro de pastas é utilizando o caminho relativo do arquivo. Ao invés de simplesmente importar o arquivo, você pode especificar o caminho completo até ele.
Por exemplo, se o arquivo que você deseja executar está dentro de uma pasta chamada "pasta1" que, por sua vez, está dentro de outra pasta chamada "pasta2", você pode executá-lo da seguinte forma:
import pasta2.pasta1.arquivo
Dessa forma, o Python irá buscar o arquivo no caminho correto, mesmo que ele esteja dentro de pastas.
Espero que essa dica seja útil para você! Se tiver mais alguma dúvida, é só me perguntar.
Bons estudos!