Oi, Henrique, tudo bem?
Para que o valor das estatísticas não fique negativo e para que o cálculo respeite a manipulação de peças aumentando o valor da estatística referente ao aumentar o número de peças e diminuindo o valor da estatística ao remover peças, podemos alterar a função atualizaEstatistica() da seguinte maneira:
function atualizaEstatisticas (peca, operacao) {
    estatisticas.forEach((elemento)=>{
        const estatisticaAtual = parseInt(elemento.textContent);
        const somaEstatistica = estatisticaAtual + pecas[peca][elemento.dataset.estatistica];
        const subtraiEstatistica = estatisticaAtual - pecas[peca][elemento.dataset.estatistica];
        if(operacao==="-"){
            if(subtraiEstatistica>=0){
                elemento.textContent=subtraiEstatistica;
            }
        } else if(operacao==="+"){
            if(somaEstatistica>=0){
                elemento.textContent = somaEstatistica;
            }
        }
    })
}
Agora que temos o código, vamos entender a lógica por trás dele:
A função atualizaEstatistica() vai realizar a atualização dos valores da estatística na tela do navegador assim que uma peça for adicionada ou removida. Ela possui como parâmetros a peça e a operação, para identificar qual peça e qual operação está sendo realizada.
Essa funcionalidade irá acontecer para todos os elementos da lista por meio do método .forEach().  
No interior do .forEach() criamos três variáveis: estatisticaAtual, somaEstatistica e subtraiEstatistica. Na primeira variável temos o valor atual do campo de cada uma das estatísticas. Na segunda realizaremos a soma dos valores atribuídos na variável pecas, onde para cada incremento ou remoção de novas peças temos valores referentes a cada estatística. E na última variável realizamos a subtração dos valores da variável pecas. 
Em seguida, validaremos algumas estruturas condicionais para verificar qual o tipo da operação matemática que queremos executar, no caso se somamos ou subtraímos o número de peças . E em seguida realizaremos outra verificação para saber se o valor da variável somaEstatistica e subtraiEstatistica é maior que zero e só então iremos realizar a mudança no valor da estatística.
Além de alterar a função atualizaEstatisticas() precisamos atualizar os parâmetros dessa função ao realizar o forEach() no controle. Dessa forma teremos o seguinte código:
controle.forEach( (elemento) => {
    elemento.addEventListener("click", (evento) => {
        manipulaDados(evento.target.dataset.controle, evento.target.parentNode)
        atualizaEstatisticas(evento.target.dataset.peca, evento.target.dataset.controle)
    })
})
Espero ter ajudado. Caso tenha dúvidas, estarei à disposição!
Abraços e bons estudos!
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