Caro Lucas!
Atualmente o Facebook permite apenas um pixel por conta de anúncios. Mas não se preocupe, você ainda pode rastrear eventos de diferentes sites com o mesmo pixel.
Para fazer isso, você precisa usar o Gerenciador de Eventos como vc bem levantou na sua pergunta. Lá, você pode configurar eventos personalizados para cada um dos seus sites.
Exemplo: você pode criar um evento chamado "Visualização de página do Curso 1" e outro chamado "Visualização de página do Curso 2".
Com isso, você poderá diferenciar as ações dos usuários em cada um dos seus cursos.
Lembre-se de que, para que isso funcione, você precisa ter o pixel instalado em ambos os sites e os eventos devem ser configurados corretamente.
Bons estudos!