Oi Miqueias,
Não, não está errado colocar o if das tentativas no meio do código. O JavaScript vai executar normalmente, e a lógica continua certa. Essa forma que você usou até deixa o raciocínio mais fácil de entender, porque separa bem as partes do código: primeiro verifica se o chute está certo, depois decide a mensagem com base nas tentativas e, por fim, mostra se o número é maior ou menor. O importante é manter a lógica clara e organizada, como você fez.