Oi, Kerle.
Isso acontece porque o Fill Container faz o frame expandir para preencher o espaço, e se o fundo estiver configurado para seguir esse tamanho, ele se ajusta junto. Para preservar o design do item tarefas, uma solução comum é separar os elementos usando grupos , por exemplo:

O atalho para agrupar um elemento é Ctrl + G, assim, ao aplicar o auto layout você mantém as propriedades dos elementos.
Espero ter ajudado!
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