Tinha tido esse problema, pesquisei aqui no fórum e em vários sites na internet até achar o que estava errado, então vim aqui mostrar o que estava de errado caso alguém tenha o mesmo problema que o meu. No meu caso, descobri que a pre composição estava começando antes do zero da timeline, então eu apenas arrastei e corrigi o começo e um fim na timeline da Main composition. Então a animação estava rodando, só que eu não via, pois a timeline estava setada para visualizar apenas o final da animação, o que dava a impressão de não estar rodando nenhuma animação.
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Print corrigido ➜