Dúvida.

Oi, Bruno, tudo bem?

A ordem dos arquivos CSS no HTML é importante porque o navegador lê os arquivos na ordem em que eles aparecem. Portanto, se houver alguma regra CSS que esteja em mais de um arquivo, a regra no arquivo que for lido por último será a que prevalecerá.

No caso do projeto que você está desenvolvendo, o arquivo flex.css foi linkado antes do style.css porque o flex.css contém as regras gerais de estilo relacionadas ao Flexbox para o layout do site, enquanto o style.css provavelmente contém estilos mais específicos.

Por exemplo, você pode ter uma regra no flex.css que aplica um estilo a todos os elementos de um tipo específico no seu site, e então no style.css você tem uma regra que aplica um estilo diferente a um desses elementos em uma situação específica. Se o style.css for lido antes do flex.css, a regra do flex.css irá sobrescrever a regra específica do style.css, o que não é o desejado.

Espero ter ajudado. Caso tenha dúvidas, conte com o fórum. Abraços!