Oi Fábio, fica tranquilo que não existe dúvida tosca, e sua dúvida é muito boa na verdade!
Quando a gente cria um tema novo no Wordpress, inicialmente apenas com os arquivos index.php e style.css ele ainda não consegue renderizar as páginas. Isso acontece pelo fato de que ainda faltam os arquivos base das páginas, ou seja, o arquivo page.php.
Dá uma olhada nesse vídeo do meu curso:
https://cursos.alura.com.br/course/wordpress-criacao-tema-zero/task/18606
Os menus é basicamente a mesma ideia, tem que configurar pra eles aparecem no functions.php também.
A ideia é que quando vc cria apenas o index.php e o style.css vc ainda está beeeeem no comecinho da coisa, ele funciona apenas a página de abertura! (:
Espero ter te ajudado Fábio!
Um abraço, qualquer coisa só perguntar!