Oi Cleyton, ainda não fiz esse curso, mas posso te dar uma visão geral.

Existem inúmeras formas de organizar os arquivos em seu projeto, incluindo o CSS, que podem variar de acordo com o tamanho do projeto e o padrão adotado pela equipe que está desenvolvendo.

No geral, não criamos um arquivo específico para o flexbox, é comum pensarmos em outros tipos de divisão, como páginas (para projetos menores) ou componentes (cabeçalho, menu, rodapé, etc), e dentro deles (caso necessário) utilizar as propriedades como o flexbox.

Acredito que para o curso faça sentido essa divisão, facilita o aprendizado.

Se estiver curioso, pesquise por arquitetura CSS, verá alguns padrões como Atomic Design e BEM (tem curso aqui na Alura a respeito), SMACSS, entre outros. São padrões conhecidos e adotados no mercado na hora de escrever e organizar CSS.