Olá, Rafael, o cálculo pode ser feito por proporção -- quando temos as medidas -- ou por comparação visual das formas -- quando temos a figura final --, sempre considerando o tamanho do canvas.
No exercício da cabeça do Creeper, por exemplo, as medidas foram dadas:
Retângulo 1: 350, 300 (cabeça).
Retângulos 2 e 3: 90, 90 (olhos).
Retângulo 4: 70, 100 (nariz).
Retângulos 5 e 6: 40, 110 (parte da boca).
O canvas deve ter o tamanho de 600 x 400 pixels.
Então, precisamos imaginar os pontos da coordenadas no canvas para "calcular" onde cada forma deve começar e terminar.
Você pode usar um papel quadriculado e fazer um rascunho até se acostumar com esse tipo de raciocínio.
Por exemplo, podemos observar que o espaço ao lado dos olhos tem mais ou menos a metade da largura dos olhos e que cada uma das formas 5 e 6 têm aproximadamente a metade da largura da forma 4.
Outro exemplo, para a cabeça ficar perfeitamente centralizada podemos subtrair a largura da cabeça (350) da largura da tela (600), e chegaremos ao valor 250, que dividido por 2 nos mostrará quanto teremos de margem de cada lado da cabeça (125 = x).
No exercício, o instrutor optou por começar x em 200 mas como a delimitação do canvas não aparece, pois acaba se mesclando com o branco da página toda, não se percebe que o alinhamento ficou um pouco mais para a direita.
Espero ter ajudado. Bons estudos!