Duas linhas de título

Olá, Enrique! Tudo bom? Espero que sim.

O que está acontecendo é que, pelo fato de utilizar duas pandas.Series em um dicionário, no momento de criação da variável dist_freq_qualitativas, o eixo relativo ao índice possui um nome que veio dessas duas Series. E ao tentar usar o comando:

dist_freq_qualitativas.rename_axis('Sexo', axis='columns', inplace=True)

O eixo que foi nomeado, foi o eixo relativo às colunas (axis='columns'). O que você pode fazer é apagar um deles, ou o axis='index' ou axis='columns'. Exemplo:

import pandas as pd

# criação de dataframe qualquer
dados = {
    'A': [0, 1, 2],
    'B': [3, 4, 5],
    'C': [6, 7, 8]
}

df = pd.DataFrame(dados)
df = df.rename_axis('Sexo', axis='index') # Aqui adiciona-se o nome ao índice/index
df = df.rename_axis(None, axis='index') # Aqui remove-se o nome do índice/index

Se ainda tiver alguma dúvida, estou por aqui. Ótimos estudos e grande abraço!