Opa Danilo, tudo bem?
Em relação ao local de armazenamento de seus arquivos, é uma coisa que vc precisa saber :). Veja onde vc grava, já que esse é o endereço que vc vai referenciar para carregar o arquivo e disponibilizar o download do mesmo.
O código de download é algo que não tem super pronto, vc vai precisar carregar o arquivo e ir escrevendo no response.. aqui tem um bom exemplo => http://stackoverflow.com/questions/7288814/download-a-file-from-nodejs-server-using-express
Abaixo tem uma adaptação que fiz do código, mas não testei.. deve servir de ponto de inicio.
var path = require('path');
var mime = require('mime');
app.get('/download', function(req, res){
var file = //carrega seu arquivo;
var filename = path.basename(file);
var mimetype = mime.lookup(file);
res.setHeader('Content-disposition', 'attachment; filename=' + filename);
res.setHeader('Content-type', mimetype);
var filestream = fs.createReadStream(file);
filestream.pipe(res);
});