document.write não esta sendo exibido

Bom dia, Rafael.

Repara que seu último else não vai ser alcançado nunca, por isso não está sendo exibido.

Dentro da dinâmica do for que você criou, toda vez que alguém digita os dados errados ele executa as duas linhas do seu else if e depois recomeça o loop. Quando as tentativas passam de três o for para de ser executado e aí o programa termina.

Tenta tirar o seu último else e colocá-lo em um if separado, após o for. Se você quiser, deixo um exemplo de como poderia ser abaixo como referência:

var emailCadastrado = "rafasouzanunes95@gmail.com";
        var senhaCadastrada = "123456";
        var email = prompt("digite seu email");
        var senha = prompt("digite sua senha");


        for (var tentativas = 1; tentativas <= 3; tentativas++) {

            if (email == emailCadastrado && senha == senhaCadastrada) {
                document.write(`seja bem vindo ${emailCadastrado}`)
                break
            }
             else if(email != emailCadastrado && senha != senhaCadastrada) {
                alert("email ou senha incorretos");
                prompt("digite novamente")
            }
        }

        if (tentativas > 3) {
                document.write(`conta bloqueada, por motivos de segurança`); 
        }

Espero ter ajudado. Grande abraço.