Olá Silvana tudo bem com você??
Vamos por partes =)
A porcentagem de cota é diferente de pró-labore. As cotas são definidas na formatação do Contrato Social, quando é definido a porcentagem de cada sócio na empresa. Exemplo: Digamos que uma empresa seja composta por 4 sócios de forma igualitária, então ficaria 25% para cada sócio.
O pró-labore normalmente é definido em comum acordo entre cada sócio e estipulado a retirada após as obrigações da Pessoa Jurídica tiverem sido cumpridas, então todos os custos, separado capital de giro e despesas. Normalmente se estipula um valor máximo permitido para o pró-labore, assim não compromete a saúde financeira da empresa.
Espero ter ajudado e qualquer dúvida é só retornar aqui!