Quando eu fiz este curso, também tive a mesma dúvida, e recebi uma resposta que para mim fez sentido: No momento que você está desenvolvendo o site, é mais fácil você fazer em arquivos separados, assim como, é mais fácil também de separar um arquivo apenas com o header e footer, já que eles irão se repetir nas três páginas, então fica mais fácil na hora de alterar algo, pois você altera em apenas um documento, e então referencia através da tag link este mesmo css do header e footer nas três páginas.
Porém, como você comentou, o site pode ficar um pouco mais lento, já que ele tem mais arquivos para carregar, mesmo que estes arquivos sejam pequenos. Como o projeto é relativamente pequeno, não da pra perceber muita diferença, mas em projetos maiores, faz muita diferença.
Solução (opinião): Quando estiver desenvolvendo, faça separado, para ficar mais legível o que está sendo feito, e não se perder tanto, mas caso coloque em produção, ou quando terminar o projeto, o ideal seria colocar tudo em um mesmo arquivo, para uma melhor performance do site.