Solucionado
Após criar o .gitignore apareceu também um arquivo .directory na lista de arquivos não monitorados.
isso aconteceu quando tive que colocar para aparecer os arquivos ocultos, pois quando criei o .gitignore ele criou diretamente oculto.
Uso o Kubunto e o arquivo foi criado via Dolphin
O Dolphin usa esses arquivos para lembrar as propriedades de exibição de cada pasta. Você pode se livrar deles facilmente escolhendo a opção common view properties for all folders Dolphin na guia General. Mas não haverá mais propriedades específicas para diretórios específicos.
Coloque o .directory dentro do seu .gitignore também