Diferença de JavaScript e Java

Existem várias :). Javascript é uma linguagem com muito mais opções, você seguir pela linha orientada a objetos, funcional e até procedural na hora de escrever o código. Existe alguma semelhança de sintaxe, mas nada além disso :).

Sistema de tipos também é diferente.. enquanto um é dinâmico e fracamente tipado o outro é estático e fortemente tipado. Vai com calma em cada uma :).

Qual deles me permite ter uma maior versatilidade no mercado?

Não tem resposta certa... Os dois são muito fortes.

Então focarei em Javascript, depois somente em java, muito obrigado Alberto!