Galera, vocês podem dizer algumas dicas em geral de como vocês fazem para organizar o código (separando em arquivos vários arquivos js) de vocês que nem nesse projeto final? Se não fosse o instrutor, provavelmente eu desenvolveria esse projeto de uma forma bem bagunçada, principalmente em relação aos arquivos js.
Opa Thiago, as dicas são várias, mas acho que sair seguindo todas mais atrapalha do que ajuda. No geral, procure se preocupar com as responsabilidades dos pedaços do seu código.
Um trecho de código que faz algo específico fica junto dentro de uma função. OK. Todas as funções que fazem algumas operações sobre um determinado recurso, ficam em um único arquivo e assim por diante.
Isso é algo que você vai pegando com o tempo. Se quiser uma recomendação. Eu faria os cursos de JavaScript avançado, lá além do Flavio explorar a linguagem mais a fundo, ele separa bem as coisas e com o decorrer do projeto, talvez você entenda bem o por que de cada coisa estar em qual lugar.