O "problema" do prompt do windows na verdade não é um problema rss.. Quando você clica em uma área "vazia" do prompt, ele é "congelado", sendo assim, qualquer outra operação não será exibida no prompt. Para "descongelar" basta clicar novamente em uma área vazia.
Quando está "congelado", o título da janela fica como "Selecionar cmd", ao "descongelar" o título volta para somente "cmd".