Solucionado
Depois de alterar a configuração do Safe Updates não precisa sair do MySQL Workbench e entrar de novo para poder usá-lo.
Existe um botão no menu superior chamado "Reconnect to DBMS" que faz a desconexão/conexão com o Banco de Dados.
É só fazer a alteração do Safe Updates e depois clicar duas vezes nesse botão.
Olá, Gabriel, tudo bem?
Muito legal você ter compartilhado aqui com a gente essa dica :)
Grande abraço e bons estudos!
Obrigado Danielle! ("Resposta" já está no cabeçalho do tópico)