Fiz de outra forma e funcionou, mas estou aberto a melhorias!
<meta charset="UTF-8">
<input/>
<button>Compare</button>
<script>
function sorteiaNumero(){
return numero= Math.round(Math.random()*100);
}
function geraListaSegredos(quantidadeNumeros){
var segredos=[];
var numero=1;
while(numero<=quantidadeNumeros){
var numeroAleatorio=sorteiaNumero();
var numeroLocalizado= false;
for(var i=0; i<segredos.length;i++){
if(segredos[i]==numeroAleatorio){
numeroLocalizado=true;
break;
}
}
if(numeroLocalizado==false && numeroAleatorio!=0 && numeroAleatorio<=60){
segredos.push(numeroAleatorio);
numero++;
}
}
return segredos;
}
function verifica(){
for(var i= 0; i<=segredos.length; i++){
if(input.value==segredos[i]){
alert("ACERTOU!");
acerto= true;
break;
}
}
if(acerto!=true){
alert("ERROU!");
}
input.value="";
input.focus();
}
var segredos= geraListaSegredos(3);
var input= document.querySelector("input");
input.focus();
console.log(segredos);
var acerto= false;
var button= document.querySelector("button");
button.onclick=verifica;
</script>