Oi Felipe, tudo bem? Bom, como já sabe o que quer fazer fica tudo mais fácil. Bom, para fazer sites ou sistemas web, você precisa de conhecimentos de Programação com alguma linguagem de back-end (você já falou que é Java), conhecimentos também em Banco de Dados (SQL) e de front-end, onde então o HTML, CSS e Javascript basicamente.
Pensando assim posso te recomendar a seguinte lista de cursos:
Cursos de Java:
Java Básico I, II e III:
I - https://cursos.alura.com.br/course/primeiros-passos-com-javaII - https://cursos.alura.com.br/course/java-e-orientacao-a-objetosIII - https://cursos.alura.com.br/course/java-e-bibliotecas
Java com Banco de dados:
https://cursos.alura.com.br/course/jdbc
Java para Web:
Servlets - https://cursos.alura.com.br/course/servlet-3-e-fundamentos-web
JPS e JSTL - https://cursos.alura.com.br/course/jstl
Banco de dados (MySQL - um dos mais usados):
Curso I - https://cursos.alura.com.br/course/introducao-a-banco-de-dados-e-sql
Curso II - https://cursos.alura.com.br/course/banco-de-dados-e-sql-complexas
Front-End: HTML e CSS I, II e III:
I - https://cursos.alura.com.br/course/html-e-css
II - https://cursos.alura.com.br/course/introducao-html-css
III - https://cursos.alura.com.br/course/avancando-html-css
Estes são os mais básicos e apresentam o mínimo que você precisa conhecer para fazer um site com Java. Mas não pare por ai. Evolua,
Após os cursos de Java para Web, faça um curso de algum framework para conseguir fazer seu trabalho de forma mais rápida e otimizada. Recomendo o Vraptor.
Curso de Vraptor 3 - https://cursos.alura.com.br/course/vraptor
Curso de Vraptor 4 - https://cursos.alura.com.br/course/desenvolvimento-web-com-vraptor-4
Aprenda também frameworks que ajudam no trabalho com o Banco de Dados:
JPA e Hibernate I - https://cursos.alura.com.br/course/jpa
JPA e Hibernate II - https://cursos.alura.com.br/course/jpa-avancado
Depois você pode se aprofundar mais em casa um dos temas passados e começar a estudar padrões de projetos, testes e boas práticas.
Espero ter ajudado, bons estudos.