Aproveitei e adicionei um if a mais no desenha, para não desenhar por cima dos painéis também.

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<canvas width="600" height="400"></canvas>

<script>

    function desenhaQuadrado(x, y, tamanho, cor) {

        pincel.fillStyle = cor;
        pincel.fillRect(x, y, tamanho, tamanho)
        pincel.fill();
    }

    function desenhaCirculo(x, y, raio, cor) {

        pincel.fillStyle = cor;
        pincel.beginPath();
        pincel.arc(x, y, raio, 0, 2 * 3.14);
        pincel.fill();

    }

    function desenhaPaletaDeCores() {

        desenhaQuadrado(xVermelho, yQuadrados, tamanhoQuadrados, 'red');
        desenhaQuadrado(xVerde, yQuadrados, tamanhoQuadrados, 'green');
        desenhaQuadrado(xAzul, yQuadrados, tamanhoQuadrados, 'blue');

    }

        function selecionarCor(evento) {
            let x = evento.pageX - tela.offsetLeft;
            let y = evento.pageY - tela.offsetTop;

            if(y<=tamanhoQuadrados) {
                if(x<=xVerde) {
                    corAtual='red';
                }
                else if(x<=xAzul) {
                    corAtual='green';
                }
                else if(x<=(xAzul+tamanhoQuadrados)) {
                    corAtual='blue';
                }
            }
        }

    function lidaComMovimentoDoMouse(evento) {

        var x = evento.pageX - tela.offsetLeft;
        var y = evento.pageY - tela.offsetTop;

        if(desenha) {
                    if((y>tamanhoQuadrados) || (x>xAzul+tamanhoQuadrados))
            desenhaCirculo(x, y, 5, corAtual);
        }
    }

    function habilitaDesenhar() {

        desenha = true;
    }

    function desabilitaDesenhar() {

        desenha = false;
    }

    var tela = document.querySelector('canvas');
    var pincel = tela.getContext('2d');
    pincel.fillStyle = 'lightgray';
    pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);

    var desenha = false;
    var corAtual = 'blue';
    var xVermelho = 0;
    var xVerde  = 50;
    var xAzul = 100;
    var yQuadrados = 0;
    var tamanhoQuadrados = 50;

    desenhaPaletaDeCores(); // mostra os quadrados de seleção de cores

        tela.onclick = selecionarCor;

    tela.onmousemove = lidaComMovimentoDoMouse;

    tela.onmousedown = habilitaDesenhar;

    tela.onmouseup = desabilitaDesenhar;

</script>