Outro colega postou a dúvida no post: https://cursos.alura.com.br/forum/topico-nao-deleta-users-rest-assured-60552
E o erro está na linha 44 da classe UsuarioRepositoryImpl
Estava comparando duas instâncias diferentes de long
if(current.getId() == entity.getId()) {
Para corrigir e voltar a deletar fiz isto:
if(current.getId().longValue() == entity.getId().longValue()) {