Olá, com esse desafio eu acredito que tenha que ser assim:
<!DOCTYPE html>
<html lang="en">
<head>
<meta charset="UTF-8">
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
<title>Document</title>
</head>
<body>
<script>
function pulaLinha(){
document.write("<br>");
}
function mostra(frase){
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono 2"));
quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbono2 + 2;
if(quantidadeCarbono1 = quantidadeCarbono2 ) {
mostra("Acho que são substâncias parecidas");
} else {
mostra("São substâncias bem diferentes");
}
</script>
</body>
</html>