Poderiam me dar um norte para eu saber se estou no caminho certo?

Você está vendo a versão anterior da nova experiência da Alura que estamos preparando para você. Em breve, ela ganha uma identidade visual novinha totalmente pensada em potencializar seus estudos!
Poderiam me dar um norte para eu saber se estou no caminho certo?

Eu diria que funcionário não tem CNPJ, apenas CPF. Se o sistema for registrar apenas professores como funcionário, troque logo para professor, já que você não mencionou outro tipo de funcionário. As disciplinas devem pertencer a uma determinada turma, professor leciona uma determinada disciplina. Turma tem uma lista de disciplinas. Valor hora/aula é um atributo de professor.
Olá, Felipe. Hoje em dia temos os MEI's, que são os que prestam serviços. Sendo assim, temos CNPJ. Um professor pode lecionar mais de uma matéria.