Utilizando o Integer wrapper para os valores serem tratados como objetos no equals:
import java.util.Scanner;
public class ValidarSenha {
public static void main(String[] args) {
Integer num1;
Integer num2;
Scanner input = new Scanner(System.in);
System.out.println("Digite o primeiro número: ");
num1 = input.nextInt();
input.nextLine();
System.out.println("Digite o segundo número: ");
num2 = input.nextInt();
input.nextLine();
if (num1.equals(num2)) {
System.out.println("Os dois números são iguais.");
}
else if (num1>num2){
System.out.println("O maior número é " + num1);
}
else{
System.out.println("O maior número é " + num2);
}
}
}