Demorei pra entender que tinha q ser dentro do primeiro else o segundo if e else
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
function sorteia (n){
return Math.round(Math.random() * 2);
}
var chute = parseInt(prompt("Já pensei. Qual você acha que é?"));
var final = sorteia ()
if(chute == final) {
mostra("Uau! Você acertou, pois eu pensei no " + final);
}
else {
if (chute > final){
mostra ("Eu pensei no numero " + final + "<br> seu chute foi maior ")
}
else {
mostra("Eu pensei no numero " + final + " <br> seu chute foi menor");
}
}
</script>