Demora 3 segundos para exibir a primeira bandeira

Olá, Jainara. Tudo bem? Eu observei a mesma coisa que você, isso acontece porque a função que desenha a bandeira só é chamada 3 segundos depois que a página é aberta, já que é o setInterval(trocaBandeira, 3000); que a chama.

O que a gente pode fazer é chamar a função antes dessa linha. Aí funciona certinho.

Assim:

function trocaBandeira() {

    if(mostraBrasil) {

        desenhaBandeiraBrasil();
    } else {

        desenhaBandeiraAlemanha();
    }
    mostraBrasil = !mostraBrasil;
}

trocaBandeira();
setInterval(trocaBandeira, 3000);

Vou deixar meu código abaixo, caso tu queira dar uma comparada também.

<canvas width="600" height="400"></canvas>

<script>

var tela = document.querySelector('canvas');
var pincel = tela.getContext('2d');

function desenhaBandeiraBrasil() {
    var tela = document.querySelector('canvas');
    var pincel = tela.getContext('2d');

    pincel.fillStyle="green";
    pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);

    pincel.fillStyle="yellow";
    pincel.beginPath();
    pincel.moveTo(300, 50);
    pincel.lineTo(50, 200);
    pincel.lineTo(550, 200);
    pincel.fill();

    pincel.beginPath();
    pincel.moveTo(50, 200);
    pincel.lineTo(300, 350);
    pincel.lineTo(550, 200);
    pincel.fill();

    pincel.fillStyle="darkblue";
    pincel.beginPath();

    pincel.arc(300, 200, 100, 0, 2* 3.14);
    pincel.fill();
}



function desenhaBandeiraAlemanha() {
    var tela = document.querySelector('canvas');
    var pincel = tela.getContext('2d');

    pincel.fillStyle = 'black';
    pincel.fillRect(0, 0, 600, 133);

    pincel.fillStyle = 'red';
    pincel.fillRect(0, 133, 600, 133);

    pincel.fillStyle = 'yellow';
    pincel.fillRect(0, 266, 600, 133);
}

 function limpaTela() {

    pincel.clearRect(0, 0, 600, 400);

    }

var auxiliar = true;

function mudarBandeira(){

    limpaTela();

    if (auxiliar == true){

        desenhaBandeiraBrasil();
        auxiliar = false

    }else{

    desenhaBandeiraAlemanha();
    auxiliar = true;
    }
}

desenhaBandeiraAlemanha();
setInterval(mudarBandeira, 3000);

</script>