Oi Vitor, tudo bem? Olha vou chutar aqui uma resposta, não sou um expert, estou estudando muito ainda hahahahaha.
Para o Hibernate, criar as tabelas do ddl ele precisa estar com alguma coisa diferente de auto, é isso mesmo? Por padrão, dependendo do banco, o spring boot tá configurado para fazer um create-drop ou none (https://docs.spring.io/spring-boot/docs/current/reference/html/howto-data-access.html#howto-configure-jpa-properties)
Neste caso, acredito que tá como none, já que o banco não é embedado nele mesmo como comenta a documentação. Neste caso, até onde vi, o que você precisa fazer é, modificar essa configuração no momento da criação do datasource. O link da documentação acima mostra algo desse tipo e você pode usar o método setConnectionProperties
pra isso também.
Outra forma é dar uma lida neste link https://docs.spring.io/spring-boot/docs/current/reference/html/howto-database-initialization.html#howto-initialize-a-database-using-spring-jdbc onde é apresentado o fluxo de como o SpringBoot carrega os datasources e utilizar alguma das alterantivas que a documentação apresenta.
Uffa, espero ter ajudado! ;)