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Datasource

Todas as vezes que tenho que utilizar o EJB tenho que configurar o datasource seja no Apache Tomcat, GlassFish ou Wildfly?

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Opa, geralmente o ejb só vai estar disponível em servidores de aplicação, que não é o caso do tomcat :(. Vc não é obrigado a usar datasource para usar o ejb, nem a jpa. Só é aconselhado a deixar coisas de banco configuradas lá.