Olá, Rodrigo!

Todas instalações do gerenciador de pacotes do NodeJS ficam dentro da pasta node_modules.

Para utilizar o Bootstrap, por exemplo, no arquivo .js inicial da sua aplicação, adicione o import abaixo:

import 'bootstrap/dist/css/bootstrap.css';
import 'bootstrap/dist/css/bootstrap-theme.css';
import 'bootstrap/dist/js/bootstrap.min.js';

Se sua aplicação estiver usando Webpack, ele já procura dentro da pasta node_modules.

Se preferir, basta jogar na mão o caminho dentro da tag head.

Lembrando que para rodar alguns componentes do Bootstrap em Javascript precisa do jQuery.