Criar uma função que recebe três números como parâmetros e retorna a média deles.

Eu sugiro três melhorias:

1. Salvar suas variáveis já como inteiras
2. Passar os números como parâmetro da sua função media().
3. Fazer a divisão dentro da função media() e já retornar este valor calculado. Para o primeiro, pode colocar os prompts dentro do parseInt, para ele já salvar as variáveis como inteiro.

Para o segundo, se vc estivesse criando uma função que ia reutilizar em outros lugares, seria bom poder passar como parâmetro os números que ela deve calcular.

Para o terceiro, coloque a divisão dentro do método, assim ele já vai retornar a média calculada, ao invés de só a soma e vc ter a necessidade de dividir dentro do alert.

Ao final, ficará assim:

let primeiroNumero = parseInt(prompt('Escolha o primeiro numero'));
let segundoNumero = parseInt(prompt('Escolha o segundo numero'));
let terceiroNumero = parseInt(prompt('Escolha o terceiro numero'));

function media(a, b, c) {
  return (a + b + c) / 3;
}

let resultado = media(primeiroNumero, segundoNumero, terceiroNumero);

alert(resultado);