Opa, Carlos.
Tudo beleza?
Pelo que entendi você tem um servidor que executa o PHP e deseja criar uma estrutura de pastar em um outro servidor.
Se for isso mesmo, é possível fazer isso pelo PHP mas não sei se é o melhor caminho.
No entanto, pelo PHP, você vai precisar acessar de alguma forma o filesystem desse servidor, seja por uma conexão FTP ou SSH, para ambas o PHP tem em sua documentação oficial.
Para FTP: https://www.php.net/manual/pt_BR/book.ftp.php
Para SSH: https://www.php.net/manual/pt_BR/ref.ssh2.php
Por FTP já tem um método chamada ftp_mkdir: https://www.php.net/manual/pt_BR/function.ftp-mkdir.php
Se for por SSH, após a conexão bem sucedida você pode rodar comandos de "terminal" para realizar a criação das pastas, tipo o mkdir mesmo.
Espero ter ajudado,
abraços!