Oi, Marco!
Sou o João, um dos devs aqui da plataforma da Alura. Aqui na stack de tecnologias da Alura, usamos alguns serviços da AWS, inclusive o EC2 e as AMIs que geramos das máquinas por alguns motivos.
Respondendo sua pergunta: aqui nós criamos as AMIs a partir de instâncias em execução, mas nós paramos os serviços mais essenciais rodando em background, como scripts de serviços de monitoramento (Datadog), proxy reverso (nginx) e tal. Isso evita inconsistências nesses serviços ao subirmos uma máquina nova que será nossa máquina de produção, e o resto a própria Amazon pára ao desativar temporariamente a máquina a partir da qual a AMI está sendo criada. Além disso, as instâncias que subimos não são de produção, para evitar o downtime da plataforma.
TL;DR: o recomendável é você parar a instância depois de terminar de configurá-la apropriadamente, a não ser que você saiba muito bem o que está fazendo hahahah
Espero ter ajudado! :)