Rafael, boa noite!
Não entendi uma coisa, para qual finalidade você precisa especificamente do formato binário em javascript?
Para reproduzir um áudio, você pode utilizar o blob do arquivo, ou mesmo a matriz Uint8array que é o que mais se aproxima do binário.
Se você precisa enviar o binário para outro sistema, por que não pode enviar o próprio arquivo em um upload?
Ou mesmo fazer o stream dos recursos informados acima, como o blob ou Uint8array?
Para pegar o array buffer, veja a documentação: https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/JavaScript/Reference/Global_Objects/Uint8Array
Para salvar esse array buffer em uma string representando o binário, seguem algumas respostas no stackoverlow:
http://stackoverflow.com/questions/16363419/how-to-get-binary-string-from-arraybuffer
Com certeza esse material irá de ajudar a escrever a função que você precisa, só não entendi a utilidade disso.
Neste outro post, tem uma função simples de como salvar o binário do uint8array, executando o download pelo navegador, sem a necessidade de um servidor:
http://stackoverflow.com/questions/25354313/saving-a-uint8array-to-a-binary-file