Solucionado
Embora tenha colocado o filter, continuo tendo erro nas letras acentuadas. Olhei no servidor MySQL e as variáveis character_set_system está como utf8 e as character_set_dabase e character_set_server estão como latin1. Alguém tem ideia do que está acontecendo?
Descobri o problema, as JSP's não estavam configuradas para UTF-8. Atentem-se para as tags meta e as inicias da JSP. Setem os valores de charset e pageEncoding para UTF-8