<meta charset="UTF-8">

<script>
    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    var a = parseInt(prompt("Primeiro valor: "));
    var b = parseInt(prompt("Segundo valor: "));
    var c = parseInt(prompt("terceiro valor: "));

    if (a < b && a < c){
        var menor = a;
    }else{
        if(b < c){
            var menor = b;
        }else{
            var menor = c;
        }
    }
        mostra("MENOR = " + menor);

</script>

Exemplo: Primeiro valor: 9 Segundo valor: 12 Terceiro valor: 5 MENOR = 5

Resposta: