Opa Fellipe, vamos lá!
Com um contêiner criado com o servidor apache a maneira correta para subir esse servidor é fazendo um build e toda vez copiar os arquivos para dentro do servidor?
Aqui você pode mapear um volume do host com os arquivos para dentro do container com o parâmetro -v
Mais detalhes deste parâmetro podem ser encontrados neste link: (https://docs.docker.com/engine/tutorials/dockervolumes/)
Como automatizar o build dos contêineres? Num ambiente onde utiliza-se um contêiner MySql e um Wildfly, por exemplo, é preciso fazer o build através de um script?
Você pode fazer um script que chama o docker build
na unha ou então, se você estiver gerenciando várias imagens, usar o Docker Compose (https://docs.docker.com/compose/)
O Wildfly necessita a configuração de alguns arquivos. O cenário é baixar a imagem, alterar e commitar a cada nova alteração das configurações?
Aqui você também pode usar a ideia do volume mapeando os arquivos de configuração.
Abraço!