Só modifiquei o calculo para altura em centímetros.
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br><br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
function calculaImc(peso, altura) {
return (peso / altura / altura)*10000;
}
var nome = prompt("Informe o seu nome");
var alturaInformada = prompt(nome + ", Informe sua altura");
var pesoInformado = prompt(nome + ", Informe seu peso");
var imc = calculaImc(pesoInformado, alturaInformada)
document.write(nome + ", o seu IMC é " + imc + "")
</script>
