Olá Douglas,
Partindo do exemplo utilizado, tendo um container para nginx, 3 containers para a aplicação e um container para o banco, poderíamos criar uma rede para cada funcionalidade? Se sim, como se daria a comunicação entre os serviços estão eles em redes diferentes? Pois, em um ambiente normal teríamos um host no meio separando as redes, e aplicaríamos um sistema de firewall.