Olá, Fernando.
Tudo bem?
Desculpa a demora, estou respondendo esse tópico para tentar ajudar você e outros alunos que estiverem com essa mesma dúvida, e também para organizar o nosso fórum. Valeu :)
A versão do arquivo compose é utilizada para especificar a versão da sintaxe do compose que está sendo utilizada. Cada versão pode ter recursos e funcionalidades diferentes, então é importante especificar a versão correta para evitar problemas de compatibilidade.
No caso da versão 3.9, ela foi utilizada porque é a versão mais recente disponível no momento em que o curso foi criado. É sempre recomendado utilizar a versão mais atualizada, pois ela geralmente traz melhorias e correções de bugs.
Quanto à informação de que o docker-compose será descontinuado a partir de junho de 2023, é importante estar ciente dessa mudança. O Docker está migrando para uma nova ferramenta chamada "docker compose", que terá uma sintaxe praticamente igual ao docker-compose. Portanto, mesmo que o nome mude, a forma de usar o arquivo de definição e os comandos serão muito semelhantes.
Espero ter ajudado e bons estudos!