.cabecalhoPrincipal-nav {
flex-direction: column;
}
.cabecalhoPrincipal .container {
flex-direction:column;
align-items: initial;
text-align: center;
}O align-items: initial; não está retornando o alinhamento inicial e continua centralizado.
Olá,
Como você mudou o flex-direction do default ("row") para para "column" a propriedade correta é o "justify-content".
Fique sempre atento ao seu eixo principal, quando você muda ele as propriedades "justify-content" e "align-items" mudamde comportamento.