Jira é mais utilizado nas grandes e médias empresas e tem suporte para todo tipo de produto e projeto. É altamente customizável, porém o uso é um pouco mais complexo e normalmente requer treinamento para usuários.
Trello é mais utilizado nas pequenas e médias empresas porque tem algumas limitações, mas é uma ferramenta simples e bastante popular.
Azure é utilizado por grandes empresas e tem a vantagem interessante de ter integração nativa com as ferramentas da Microsoft. Também é altamente customizável e requer treinamento para usuários.
