Opa, fala aí, Rangel! Tranquilo, cara? =)
Não tenho certeza se entendi corretamente a sua dúvida, mas vamos lá...
Para compilar o arquivo, você precisa rodar o comando javac MeuProgramaModificado.java, dentro da pasta onde você salvou o arquivo, caso contrário precisará passar todo o caminho...
Utilizando o Ubuntu, dois comandos muito úteis para saber "onde você está" são:
ls: Mostra os arquivos e pastas do diretório atual, onde você se encontra.cd ...: O famoso "change directory". Você passa um parâmetro para ele, que representa a pasta para a qual você irá...
Assim, ao abrir o terminal, digite ls... Se não me engano, você estará na home e deve aparecer a pasta Documents. Aí basta fazer um cd Documents, que você estará dentro dessa pasta. Se tiver mais uma pasta, vá fazendo cd ... até chegar no diretório correto. Feito isso, rode o comando javac e seja feliz com a compilação do seu código! Rs...
Espero ter ajudado, mas qualquer dúvida não deixe de postar por aqui para que possamos continuar ajudando-o!
Abraço e bons estudos,
Fábio