Recentemente usei uma ferramenta de prototipação chamada Justinmind. Achei de fácil entendimento e uso. Tem a parte free e a parte que é necessário comprar a licença para usar. Usei somente a parte free e ela atendeu ao que eu precisava no momento: criar um protótipo de aplicativo mobile (criei ele navegável). Fica a dica para quem quiser fazer um teste dessa ferramenta.
