Boa tarde Michel,
Você pode usar o método listFiles() da classe File, do pacote java.io, para percorrer os nomes de arquivos de um dado diretório. Um exemplo está neste link.
A seguir, você pode pegar os arquivos com as extensões desejadas e zipar. Eis um exemplo:
// extensoes a serem consideradas
List<String> extensionsToZipList = Arrays.asList("pdf","xml");
for(File path:paths) {
// supondo extensoes sendo as 3 letras finais
int extensionLength = path.length() - 3;
// extensao do arquivo analisado
String extension = path.toLowerCase().substring(extensionLength);
// ve se, dada a extensao, o arquivo deve ser zipado
if( extensionsToZipList.contains(extension) )
Compactador.compactarParaZip(path+".zip", path);
}
O arquivo zipado será gerado no mesmo diretório do arquivo original. Além disso, não esquecer do import java.util.*; no começo do arquivo para usar List e Arrays do import java.io.*; para usar a classe File.
Avisa aí se der certo.
Abraço.