Como usar o Splice nesse Array ?

Bom dia, Wagner.

O splice é usado para excluir e substituir elementos, nesse caso você substituiu todos seus elementos do primeiro array pelo elemento "Amarelo", imagino que você queria corrigir o elemento 'Amerelo' substituindo por "Amarelo".

A forma que achei para fazer isso é atribuindo o array em questão em uma variável que declarei com o nome editor, tendo um unico objeto fica mais facil de realizar essa substituição de elemento e automaticamente a edição feita nessa variável editor já influencia na sua variável base, veja o exemplo a baixo:

let base = [
  ['Casa1', 'Amerelo', 'Norueguês', 'Água', 'Fuma Dunhill', 'Cavalos'],
  ['Casa2', 'Azul', 'Dinamarquês', 'Chá', 'Fuma Blends', 'Pássaros'],
  ['Casa3', 'Vermelho', 'Inglês', 'Leite', 'Fuma Pall Mall', 'Cachorros'],
  ['Casa4', 'Verde', 'Alemão', 'Café', 'Fuma Prince', 'Nada'],
  ['Casa5', 'Branco', 'Sueco', 'Cerveja', 'Fuma Bluemaster', 'Nada']
];
let resp = [
  ['Casa1', 'Cor1', 'Nacionalidade1', 'Bebida1', 'Cigarro1', 'Animal1'],
  ['Casa2', 'Cor2', 'Nacionalidade2', 'Bebida2', 'Cigarro2', 'Animal2'],
  ['Casa3', 'Cor3', 'Nacionalidade3', 'Bebida3', 'Cigarro3', 'Animal3'],
  ['Casa4', 'Cor4', 'Nacionalidade4', 'Bebida4', 'Cigarro4', 'Animal4'],
  ['Casa5', 'Cor5', 'Nacionalidade5', 'Bebida5', 'Cigarro5', 'Animal5']
];

let editor = base[0];
editor.splice([1],1, 'Amarelo')

console.log(base)

let editor = base[0];

• o objeto de indice 0 na variavel base é atribuído à variável editor

editor.splice([1],1,"Amarelo");

• [1] = Indica o indice do elemento que deseja exluir

• 1 = indica quantos elementos desejo exluir, no caso só o elemento "Amerelo"

• "Amarelo" = Indica a palavra que vai ser inserida

Saída do código:

[
  [
    'Casa1',
    'Amarelo',
    'Norueguês',
    'Água',
    'Fuma Dunhill',
    'Cavalos'
  ],
  [ 'Casa2', 'Azul', 'Dinamarquês', 'Chá', 'Fuma Blends', 'Pássaros' ],
  [
    'Casa3',
    'Vermelho',
    'Inglês',
    'Leite',
    'Fuma Pall Mall',
    'Cachorros'
  ],
  [ 'Casa4', 'Verde', 'Alemão', 'Café', 'Fuma Prince', 'Nada' ],
  [ 'Casa5', 'Branco', 'Sueco', 'Cerveja', 'Fuma Bluemaster', 'Nada' ]
]