Como usar js fora do HTML? O spring Security não permite aparentemente

Olá André! No arquivo WebSecurityConfig onde você adicionou a URI home com parametro .permitAll, você pode adicionar também os diretórios dos seus arquivos css e js.

@Override
    protected void configure(HttpSecurity http) throws Exception {
        http.authorizeRequests()
            .antMatchers("/home/**","PATH_DO_CSS","PATH_DO_JS")
                .permitAll()
            .anyRequest()
                .authenticated()
            .and()
            .formLogin( form -> form
                    .loginPage("/login")
                    .defaultSuccessUrl("/usuario/pedido", true)
                    .permitAll()
            )
            .logout(logout -> {
                logout.logoutUrl("/logout")
                    .logoutSuccessUrl("/home");
            });        
    }

Confirma aí se funcionou pra você ;)